在夏亚之乱结束十二年后(U.C.0105年),地球联邦的腐败日益深重,宇宙殖民地与地球间的阶级矛盾濒临爆发。曾经参与镇压夏亚叛乱的年轻战士哈萨维·诺亚,因亲手射杀葵丝·帕拉雅(小说版中“珍”不存在)而陷入长期郁病。当他以化名“马夫蒂·纳比尤·艾林”重生时,已成为领导反联邦组织的革命家。 故事围绕哈萨维驾驶秘密开发的“克西高达”(受ν高达启发的实验机体)展开,揭露联邦政府企图将地球居民送上宇宙、独占地球资源的阴谋。哈萨维与父亲——联邦英雄布莱德·诺亚的立场激烈对立:父亲维护联邦体制,儿子则以暗杀高官的极端手段推动变革。在航天飞机劫持事件中,哈萨维与神秘少女琪琪的相遇,以及“朗德尼昂”殖民地的独立运动,将冲突推向高潮。最终,哈萨维被联邦逮捕枪决,其战友凯纳斯为阻止布莱德亲手处决儿子,选择替联邦完成处刑,留下“革命火种永不熄灭”的悲壮结局。