在千禧年穿越热潮中，普通社畜林深意外穿越到以战舰拟人化为核心的《舰娘》世界。本以为能开启与各色萌系舰娘的后宫日常，却在初见时被大和舰娘以「不合格的提督不配拥有我们」为由当众羞辱。失去初始舰娘的林深，被迫从最底层的港口杂役做起，在维修车间与煤渣油污为伴。随着剧情展开，他意外觉醒「舰队共鸣」能力，能通过触碰读取舰娘的记忆残片：重巡洋舰回忆着深海作战的悲壮，驱逐舰封印着对理想航路的执念，而看似傲娇的航母舰娘竟藏着被战火灼伤的秘密。在第十四章「新店员」中，神秘少女舰娘空降港口，其真实身份竟是传说中的「幻影舰队」指挥官；第十五章「测试」揭晓林深能通过精神链接修复舰娘核心程序的特殊权限；第十六章「不若归去」则埋下「现世与游戏世界重叠」的惊天伏笔。当林深终于攒够资历参加提督考核时，却发现自己穿越的背后竟与「世界锚点崩坏」的危机息息相关……