在近未来的星际战场上，人类联邦与异形生物「深海族」的战争已持续百年。主角张齐是一名患有基因缺陷的退伍舰长，因战功赫赫却因身体原因被迫退役，却在偶然间与拥有神秘进化能力的少女谐素相遇。谐素体内封印着上古「深蓝核心」，能与战舰意识共鸣，而她的宿敌——冷峻的联邦特工舒立，手持能改写基因的「创世编码器」，誓要将她变为终极武器。三人被迫登上残破战舰「蔚蓝方舟」，在星际逃亡中揭开人类与深海族的起源真相。战舰的量子引擎因谐素的触碰逐渐苏醒，暴露出两千年前地球文明曾与外星文明合作建造「宇宙坟场」的惊天秘密。随着深海族母舰「噬光者」的逼近，张齐必须直面自己被军方掩盖的战场记忆，而谐素体内觉醒的远古意识，竟与地球海洋生物的集体潜意识同源……