《戰舰少女R編年史之深海啓示錄》以旧历2030年为起点，描绘了C国在深海危机与科技失控的末世背景下，青年工程师青冥与拟人化战舰少女们共同抗争的史诗故事。随着深海中觉醒的未知生物“海渊体”肆虐全球，人类文明濒临崩溃。青冥意外觉醒操控古代战舰核心“星穹引擎”的能力，并与拥有自我意识的战舰少女们——如冷艳的航母“赤城”、坚韧的驱逐舰“夕立”、神秘的潜艇“大和”——结成命运共同体。他们穿梭于废墟都市、深海遗迹与未来科技城邦之间，揭开“深海啓示錄”中关于人类进化与机械灵魂的终极秘密。故事交织着末世求生的紧张战斗、战舰少女与人类之间禁忌而纯粹的情感羁绊，以及对文明存续的哲学拷问。在进化变异与机甲战争的宏大叙事中，青冥逐渐发现自己的身世竟与深海危机的起源息息相关……