《夏目之蝴蝶崩分之線》以《夏目友人帐》世界观为基底，展开一段颠覆原作命运的暗黑衍生故事。当少年夏目贵志在十岁那年意外邂逅神秘组织「森罗万象」的首领柳城玄夜，原本因妖力失控而孤独成长的他，被卷入一场关乎人与妖存亡的棋局。玄夜以严苛手段训练夏目掌控妖力，却在朝夕相处中滋生禁忌羁绊。随着「蝴蝶」预言的崩坏，两人发现夏目体内封印着能撕裂时空的「万妖之核」，而治愈系妖怪猫咪老师早川怜的真实身份竟是神界观测者。故事在东京都的灵异事件与妖怪暴动中层层推进，夏目被迫在拯救世界与守护爱人之间抉择，最终以「妖力具象化」的悲壮姿态，在樱花纷飞的明治神宫前划破时空线，改写所有妖怪与人类的命运契约。