作为资深柯学迷,主角在深夜追更时意外穿越到《名侦探柯南》的世界。开局便卷入横滨港的离奇命案,凭借对剧情的预知破解了本该属于柯南的"工藤新一初登场"名场面,从此成为搅动米花町风云的"影子侦探"。在解决"银色子弹"列车连环杀人事件时,主角不仅识破了赤井秀一的卧底身份,更意外获得APTX4869的解药样本。随着与安室透建立秘密情报网,主角逐渐发现黑色组织内部存在重大分歧——琴酒与贝尔摩德的博弈、若狭留美隐藏的实验数据、甚至灰原哀与宫野志保的量子纠缠之谜都被层层揭开。当主角手持关键证据要挟工藤新一时,两人在东京塔展开"真相拍卖会":谁掌握的组织机密更致命?谁才是真正的"时间之主"?而跨越次元的危机正在逼近——主角发现自己的存在本身竟是APTX4869的第218号实验体!