《九阴九阳》以大明洪武四年为背景，战乱初平，江湖暗流涌动。主角段子羽作为大理世子，因家族纷争被追杀，意外重生后继承先祖武学传承，经脉被改造为九阴九阳神功根基。他身负奇遇，接连习得《九阴真经》《九阳神功》《六脉神剑》《天雷剑法》等金庸经典武学，更融合独孤九剑与降龙十八掌，成为凌驾于张无忌之上的绝世高手。段子羽以武当弟子身份为掩护，周旋于明教、天师教、丐帮等势力之间，揭开“九阴白骨现江湖”的阴谋，血洗玄冥二老、怒惩天师张正常，最终在昆仑山“张无忌埋经处”集齐绝学，建立阴阳神殿。情感线上，他与天师教教主之女张宇真、丐帮帮主之女史青、明教司徒明月三女展开纠葛，以强势姿态打破金庸原著中主角的优柔寡断，开创“多女主”武侠情缘。小说以“神皇境界”“盘古周天世界”等奇幻设定收尾，将传统武侠与修真元素结合，展现段子羽从底层私生子逆袭为统御五行神域的武道至尊。