17岁的天才电脑工程师白宇在英国遭遇神秘黑客入侵，展开了一场惊心动魄的网络攻防战。在千钧一发之际，入侵者于白宇的电脑中留下“繭诺亚方舟”的诡异字样。这一线索与两年前好友弘树的自杀事件产生微妙关联，促使白宇远赴日本，以科技公司制作人身份潜入一场发布会。然而，发布会现场接连爆发离奇命案：新娘中毒、二十年前的旧案重现、警视厅高层卷入谜团。白宇凭借顶尖的黑客技术与缜密推理，与名侦探柯南联手揭开“诺亚方舟”的真正面目——一个横跨科技犯罪与人性黑暗的庞大阴谋。随着松本管理官父女的恩怨、高杉政宗的隐秘身份逐渐浮出水面，白宇发现这场战争不仅关乎虚拟世界的霸权，更与日本政商界的黑暗利益链深度交织。当灭杀程序再度启动，他必须在代码洪流中寻找最后一块拼图，阻止一场席卷现实与网络的灾难。