天才高中生侦探工藤新一因追查黑衣组织遭暗算,被神秘毒药“APTX4869”缩小为小学儿童,化名江户川柯南寄居于阿笠博士家中。作为工藤的挚友兼邻居,阿笠博士表面是温和的发明家,实则隐藏着与黑衣组织千丝万缕的联系。他不仅协助柯南研发变声项圈、麻醉手表等工具,更暗中布局对抗组织,甚至利用柯南的侦探能力牵制毛利小五郎,借机追查真相。然而,随着白衣人组织“贝尔蒙特”的浮现,阿笠的真实身份逐渐暴露——他竟是连接黑衣组织与警方的“双面棋子”。在保护柯南、灰原哀等人的同时,他周旋于毛利兰、妃英理之间,甚至通过催眠术操控少年侦探团成员步美,利用其记忆覆盖掩盖罪行。故事交织着悬疑推理与暗黑权谋,揭露阿笠如何以“幕后操盘手”身份,在东京的阴影中编织一张庞大的救赎与背叛之网。